Dans les deux cas (rhabdomyolyse aiguë ou récurrente induite par effort), les chevaux présentent des douleurs musculaires allant de la raideur à un cheval couché ne sachant plus se lever. Les muscles sont gonflés et particulièrement sensibles. Les postérieurs et le dos sont plus généralement touchés que les antérieurs.
Il est possible de repérer ces signes de douleur : le cheval ne veut plus avancer, gratte le sol, prend une position pour uriner une augmentation de la fréquence cardiaque et respiratoire ou une sudation. Les signes sont souvent confondus avec des coliques. Dans les cas les plus graves, les chevaux présentent une urine foncée.